Ніколаєнко, Т. Ю.     Конформаційна ємність молекули 5′-дезоксіаденілової кислоти: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини [Текст] / Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун // Укр. біохім. журн : Науково-теоретичний журнал. - 2011. - Т. 83, N 4. - С. 16-28 . - ISSN 0201-8470 Анотація: Квантово-механічним методом функціоналу густини на рівні теорії MP2/6-311++G(d,p) // DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено повний конформаційний аналіз молекули 5′-дезоксіаденілової кислоти. Виявлено 726 її конформерів із відносними енергіями Гіббса від 0 до 12,1 ккал/моль за нормальних умов. Встановлено, що енергетично найвигіднішою є структура із "північною" (N) конформацією фуранозного кільця та syn-орієнтацією нуклеотидної основи, стабілізована внутрішньомолекулярними водневими зв’язками OP1HP1∙∙∙N3 та O3'H∙∙∙OP. Структура чотирьох із виявлених конформерів подібна до структури нуклеотидів ДНК у AI-, і чотирьох - у BI-формі. Структура одного із одержаних конформерів 5′-дезоксіаденілової кислоти (з відносною енергією ΔG = 5,4 ккал/моль) близька до відомої кристалічної структури гідрату натрієвої солі цієї молекули, встановленої методами рентгеноструктурного аналізу. Показано, що найчутливішими до конформації молекули є заряди атомів C4′ і C5′. Продемонстровано роль внутрішньомолекулярних водневих зв’язків типу OH∙∙∙N у формуванні просторової структури молекули. Дод.точки доступу: Булавін, Л. А.; Говорун, Д. М. Примірників всього: 1 ЧЗ (1) Свободны: ЧЗ (1)